孙程字稚卿，涿郡新城（今河北徐水）人。安帝时，为中黄门，在长乐宫办事。

当时邓太后临朝，安帝不能亲政。小黄门李闰与安帝乳母王圣常常一同诬陷邓太后的哥哥想要废掉皇帝而立平原王刘翼为帝，安帝常常愤恨恐惧。邓太后死后，安帝诛杀邓氏家族而且废了平原王，封李闰为雍乡侯；小黄门江京因凭借功劳被封为都乡侯，食邑各三百户。李闰、江京同升为中常侍，与中常侍樊丰、黄门令刘安煽动朝廷内外，竞相做一些奢侈和暴虐的事情。又有安帝的舅舅大将军耿宝、皇后的哥哥大鸿胪阎显相互结为党羽，枉法杀害了太尉杨震，废皇太子刘保为济阴王。

第二年安帝死，立北乡侯（刘懿）为帝。阎显等争权夺利，于是暗示官员上奏诛杀了樊丰，废了耿宝，那些结党参与的人全部被流放。

十月，北乡侯（刘懿）病重。孙程对济阴王刘保的谒者长兴渠说：“济阴王凭借嫡子正统的身份（做了太子），并没有什么失德的事情，先帝听信谗言，才到了被废黜的地步。如果北乡侯一病不起，一并铲除江京和阎显，（扶立济阴王刘保的）事情就可以成功了，兴渠等人认为孙程说得对。中黄门王康，原先也是刘保属下，自从刘保被废，常常悲叹愤恨。北乡侯死亡，阎显禀告太后，想要扶立刘简为皇帝。刘简尚未来到，孙程与王康等十八人在德阳殿西钟下聚会谋划，截断单衣共同宣誓，进入章台门。当时，江京、刘安及李闰、陈达等都坐在宫门下，孙程与王康等人一起赶到那里杀了江京、刘安、陈达。因李闰在宫内有一定权势，孙程等想推举他为首领，举刀胁迫李闰说：“现在应当拥立济阴王，不要动摇。”李闰说：“好！”于是孙程扶起李闰，一起在德阳殿西钟下迎立济阴王，这就是顺帝。

当时阎显在宫内，吓得不知所措，小黄门樊登劝阎显发兵，假托太后诏书召见越骑校尉冯诗、虎贲中郎将阎崇，让他们驻扎在朔平门，以抵御孙程等。阎显的弟弟卫尉阎景立刻从宫中回到外府，聚集士兵到盛德门，孙程传诏各个尚书让他们捉拿阎景，尚书郭镇当时卧病在床，听说这件事后，立即率领值夜的羽林军到南边的止车门，遇到阎景带着官吏士兵，阎景拔出剑，大喊道：“不要冒犯我手中的兵器。”郭镇立刻下车，拿着符节宣布诏令，阎景说：“什么诏令？”趁机砍向郭镇，没砍中。郭镇拔剑击刺阎景，阎景从车上摔下来，左右羽林军用戟叉住阎景的胸脯，于是擒获了他，押送到廷尉狱中，当晚死去。第二天早晨，派侍御史捉拿阎显等人押送廷尉狱中，于是局势安定下来。孙程凭借功劳被封为浮阳侯，食邑万户。

孙程临终时遗言上书，要求将封国传给他弟弟孙美。顺帝应允，但分封地的一半，封孙程养子孙寿为浮阳侯。阳嘉四年（公元135 年），朝廷下诏宦官养子都允许成为继承人，承袭封号爵位，并确定下来写进法令。